蜂蜜保存宜放在低温避光处。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。
蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、及湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品(如汽油、酒精、大蒜等)腐蚀性的物品(如化肥、农药、石灰、碱、硝等)或不卫生的物品(如废品、畜产品等同储存)。
蜂蜜的保存期目前国家规定瓶装蜜保质期18个月。但封盖成熟浓度高的蜂也能保质多年。但吃蜂蜜新鲜为好，因新鲜蜜一般色、香、味口感较好。