无功补偿的软件中考虑功率因数，而计算功率因数时用的是无功的绝对值,p/s,s*s=p*p+Q*Q,负号就没了，而一次接线图中针对一个母线来说，无功流入为正，流出为负，正说明无功欠，负说明无功倒流，相当于过剩，那我怎么根据功率因数说明是要投还是切电容器呢？不知道这么描述是否清楚？ 

但是我们的软件现在就是提示：XX变1#电容器将投入，原因:功率因数偏低

你说的很对啊，流入是正，流入是负， 功率因数是P/S
打个比方 无功是正的时候，功率因数属于感性，是滞后的，这时需要投入电容器来补偿功率因数。
无功是负的时候，功率因数是容性的，是超前的，也就是过补偿了，这时需要切除电容器来防止过补偿。
虽然功率因数可能都是0.95一个数值，但是你可以根据其实感性还是容性来决定是否投切电容器。